Для оперативного контроля работы канала по известным формулам гидравлики строят графики или номограммы, позволяющие определить глубину наполнения канала в рассматриваемом сечении в зависимости от маневрирования затворами регуляторов, расположенных выше и ниже по течению с учетом транзитных расходов. Режим в канале также существенно зависит от конструкции, местоположения и наличия сбросных сооружений. Оптимальным режимом эксплуатации канала является плавное его наполнение или опорожнение с режимами, близкими к равномерному, имеющими минимальные сбросные расходы или исключающими их полностью.

Во время прекращения подачи воды на участок канала сравнительно большой протяженности вначале закрывают вышерасположенное перегораживающее сооружение, а затем по истечении некоторого времени - нижерасположенный регулятор. Такой порядок закрытия отверстий водопропускных сооружений необходимо поддерживать во избежание перелива воды через бровки канала у нижерасположенного сооружения в результате образования горизонтальной поверхности воды при прекращении ее движения.

Перелив воды через дамбы возможен при переполнении из-за плохого регулирования водораспределения, не предусмотренного отказа водопотребителей от забора воды, повышении шероховатости в результате некачественного выполнения земляных работ или зарастания русла канала водной растительностью (на Каракумском канале за Келифскими озерами коэффициент шероховатости при зарастании русла увеличился до 0,88, а проектное значение - 0,025), попадании значительных расходов ливневых и селевых потоков, заторов или зажоров (в зимний период), отказе работы затворов перегораживающих сооружений по любой причине, в том числе из-за прекращения подачи электроэнергии. Длительное повышение уровней воды в канале сверх расчетного может привести к большим фильтрационным потерям воды, к поднятию уровня грунтовых вод и засолению прилегающей территории с плодородными землями. На оросительных несудоходных каналах запрещается передвижение плавсредств с большими скоростями. Исключение делается только для моторной гидрометрической лодки, движущейся со скоростью до 5 км/ч. Необходимо также избегать внезапной остановки насосных станций и резких маневрирований затворами перегораживающих сооружений.