Режим наполнения канала после ремонта является также ответственным периодом. При этом необходимо установить непрерывные наблюдения за состоянием канала и обеспечить постепенную подачу расхода с незначительной волной, энергетические характеристики которой не опасны с точки зрения размыва дна и откосов канала или его одежды. Скорость волны при наполнении канала должна быть в 2...3 раза меньше допускаемой скорости воды при равномерном режиме, в противном случае могут возникнуть нежелательные явления, приводящие к недопустимым деформациям откосов и дна канала. По мере его наполнения расходы увеличивают. При этом постоянно открывают отверстия перегораживающего сооружения и выводят канал на расчетный эксплуатационный режим. В начальный период эксплуатации канала необходим усиленный режим наблюдения за фильтрацией из него, работой дренажных систем, а также всех гидротехнических сооружений на канале. Все деформации, характерные режимы течения, замеченные во время наполнения и в начальный период эксплуатации, тщательно фиксируют в специальном журнале с указанием места, времени, характера повреждения или дефекта и его зарисовкой.

Режим опорожнения менее опасен для размывов дна и откосов канала, рассчитанного на равномерный режим в обычных эксплуатационных условиях. Однако при резком снижении уровней воды в канале фильтрационный поток направляется к откосу, вызывая дополнительное гидродинамическое давление на грунт. В этом случае могут возникнуть потеря устойчивости откоса и его обрушение. Если откос будет иметь одежду без дренирующих устройств, то фильтрационный поток может выдавить плиты крепления.