Для реализации природоохранных мероприятий в районе водохранилища предусматриваются: водоохранная зона, санитарная зона, прибрежная полоса. Кроме того, выделяется охраняемая зона строгого режима, которая обычно располагается непосредственно у водоподпорных, водопропускных и других наиболее ответственных гидротехнических сооружений.

Водоохранная зона водохранилища - это прибрежная территория (полоса), на которой осуществляется комплекс мероприятий, направленных на поддержание надлежащего технического состояния водохранилища. Граница этой зоны устанавливается проектом и составляет 500...2000 м и более от уреза воды при НПУ. Здесь запрещается строить новые и расширять старые предприятия, увеличивающие загрязнение водоемов, проводить опыление с помощью авиатехники на расстоянии ближе 2 км, использовать пестициды и другие ядохимикаты, размещать склады с минеральными удобрениями, химикатами, ТСМ, пасти скот, вырубать лес, если это не предусмотрено водоохранными мероприятиями; устраивать кладбища, скотомогильники и т. д.

Санитарная зона, служащая для осуществления санитарных мероприятий, может иметь три пояса в зависимости от назначения и использования водоема. Расстояние от уреза воды при НПУ до границы санитарной зоны изменяется от 100 до 1000 м. К этой территории предъявляются повышенные требования по сравнению с водоохранной зоной.