В дюкерах поддерживают скорости потока, обеспечивающие транспорт наносов без их осаждения. Вместе с тем периодически следят, чтобы в колодцах и других пониженных местах дюкера не скапливалось большое количество ила. Колодцы от ила очищают путем промывки потоком с повышенными скоростями, применения грязевых наносов или механическим путем. Трубы и дюкеры не реже 1 раза в пять лет осушают, просматривают и ремонтируют по мере надобности. Кроме того, водоводы дюкеров и трубы больших диаметров ежегодно осматривают водолазы, которые определяют количество осевших наносов, степень коррозии.

Для поочередного выключения водоводов дюкеров и труб для осмотра и ремонта сооружения комплектуются шандорами. На входном оголовке устанавливают сороудерживающие решетки. Во избежание заноса труб и дюкеров снегом на зимний период надводные отверстия перекрывают специальными щитами и утепляющими матами.

Подводящий и отводящий каналы содержат в очищенном от наносов состоянии, так как при их заилении уровни воды в водотоке могут превысить проектные отметки, что приведет к переполнению канала и нарушению гидравлического режима водопроводящего сооружения. Металлические водоводы дюкеров, имеющие большую протяженность, очищают от ржавчины с помощью специальных устройств, представляющих собой механизмы, перемещающиеся внутри трубы, а затем обрабатывают ингибиторами, эффективно защищающими внутреннюю поверхность от коррозии.