Вместе с тем известно, что незначительное зарастание каналов, пока оно не вызывает существенного гидравлического сопротивления, полезно, так как корневая система растительности защищает откосы от разрушения, растительность очищает воду от нефтепродуктов, от бактериального загрязнения, не допускает цветения и т. д. Поэтому важно систематически поддерживать в канале незначительное обрастание. Чтобы предупредить недопустимое обрастание каналов, рекомендуется делать следующее. Их затеняют древесной растительностью, например плакучей ивой, пирамидальным тополем и др. Откосы каналов окашивают специальными машинами. Такая косилка разработана в МГМИ. Гербициды для этих целей используют редко из-за вредного воздействия химических соединений на животный мири невозможности применения воды в питьевых целях. На крупных каналах (Каракумский) для борьбы с водной растительностью разводят травоядных рыб - белого амура, толстолобика и др. На трассах каналов своевременно устраняют мелководье, заводи. В зонах песчаных бурь каналы защищают от поступления в них эоловых песков путем устройства лесозащитных полос, пескоукрепительных работ и др.

Для борьбы с заилением каналов используют различные способы. Один из основных - оптимальное поддержание расчетного режима движения воды в канале, обеспечивающего неразмывающие и незаиляющие скорости потока. Однако на практике реализовать это условие не всегда удается.