Система каскадных прудов - композиционная ось всей усадьбы. К настоящему времени сохранились два пруда из четырех. Они устроены в глубоком овраге, разница отметок которого в пределах усадьбы составляет 30 м. Пруды делят усадьбу на две части - северо-западную и юго-восточную. Северный берег Верхнего пруда имеет относительно ровный рельеф, почти сливающийся с отметкой воды. Южный берег приподнят на 4-5 м. Здесь на возвышении, ближе к восточной границе усадьбы, располагается дом-музей.

С южной стороны на границе усадьбы сохранились единичные деревья старинной липовой аллеи, а вблизи них группы желтого шиповника, сирень, чубушник. Перед восточным фасадом в центре овальной клумбы растет старая лиственница сибирская. Предание утверждает, что эту лиственницу А. С. Пушкин привез из путешествия по пугачевским местам и посадил под окнами своего дома в 1834 г. Подтвердить или опровергнуть легенду могло только определение точного возраста дерева при помощи возрастного бура. Однако дерево ослаблено, суховершинит от поражения сердцевинной гнилью и уже с 25 см но радиусу невозможно сосчитать годичные кольца. Поэтому остается верить местной легенде и тщательно оберегать это дерево.

Пруды, расположенные в восточной части, составляют главную ландшафтную достопримечательность усадьбы. От площадки перед домом через Верхний пруд перекинут горбатый мостик. В северной части его сохранилась группа мемориальных деревьев - ива и два дуба в возрасте около 200 лет.

Дорожки от дома через мостик и плотину Верхнего пруда переходят в северную часть усадьбы и затем, следуя контурам рельефа большого оврага, спускаются в юго-западную часть, которую занимает обширный фруктовый сад. Он перерезан системой взаимно перпендикулярных дорожек, обсаженных желтой акацией.