В конце XIX в. ничего «пушкинского» на усадьбе почти не осталось. Сохранились только «домик няни», виды на Сороть и сосновые рощи на холмах.

В 1911 г. усадьбу уже нельзя было узнать, так как в начале въездной аллеи из старых гигантских елей были построены деревянные ворота псевдорусского стиля, а дом-музей бросался в глаза своею яркой крышей. Дорожки были старательно расчищены, деревья тщательно подстрижены. Все благоустройство напоминало новенькую усадьбу, построенную на развалинах старого дворянского гнезда, оно совершенно не вязалось с представлением о прежней усадьбе поэта «с калиткой ветхою, с обрушенным забором».

В настоящее время площадь Михайловского составляет 10,4 га, насаждения здесь практически сливаются с подступившим к усадьбе с трех сторон хвойным лесом, только по-прежнему остаются открытыми виды на Сороть, Маленец и Кучане. С периода мемориализации усадьбы прошло около 150 лет. Потребовалась большая аналитическая работа над историческими документами и материалами натурного обследования, чтобы определить характер ландшафтов Михайловского парка на период пребывания в ней Пушкина. Результаты анализа показали, что в насаждениях бывшего усадебного парка произошли значительные изменения: потерялись или распались старые аллеи, сосновый лес сменился еловым со значительным участием липы в подросте, красиво цветущие виды кустарников изросли и потеряли декоративность, нарушилась планировка «ромбического» сквера перед домом, увеличилась площадь фруктового сада, цветники не соответствуют характеру и местоположению их во времена А. С. Пушкина, появилась новая планировка в южной части парка.