При появлении существенной фильтрации (особенно в пусковой период, когда возникают значительные просадки, трещины) САНИИРИ рекомендует проводить местное уплотнение грунтов ложа канала методом подводных взрывов (по методу X. А. Аскарова). При этом сильно уплотняются грунты ложа, значительно снижается фильтрация и увеличивается их прочность.

В условиях эксплуатации каналов возникает проблема борьбы с зарастанием растительностью (рдест гребенчатый, колосистая, тростник, камыш, рогоз и др.). При зарастании резко увеличивается шероховатость (в 2...3 раза и более), что значительно уменьшает пропускную способность канала. Помимо этого, в нем снижаются скорости, что вызывает интенсивное заиление. Плотность тростника на Джизакском магистральном канале, по данным САНИИРИ, за 7 лет эксплуатации достигла 300 растений на 1 м2 при коэффициенте застройки (отношение площади живого сечения береговой полосы, занимаемой тростником, к общему живому сечению), равном 0.4...0,6. В случае, если канал строится несколько лет и уровень грунтовых вод находится поблизости к дну канала, то к пуску его в эксплуатацию ложе канала может сильно зарасти, как это имело место на Тюямуюнском магистральном канале.