Вопросами технической эксплуатации гидротехнических сооружений занимаются линейные службы эксплуатационных участков. В состав областного производственного управления мелиорации и водного хозяйства могут входить также управления машинного орошения с эксплуатационными участками, в состав которых включается гидротехническая группа, обеспечивающая наблюдения и функционирование гидротехнических сооружений.

На крупных магистральных каналах типа Каракумского (ТаджССР), Северо-Крымского (УССР), Большого Ферганского (УзССР). Иртыш - Караганда (РСФСР). Днепр-Донбасс (УССР) структура службы эксплуатации несколько отличается и устанавливается в индивидуальном порядке в зависимости от функций и параметров каналов, сложности их эксплуатации, специфики природных условий.

В современных условиях строят крупные каналы (30... 100 м3/с и более), имеющие в своем составе насосные станции, плотины и другие гидротехнические сооружения. Для их эксплуатации создают предприятия, подчиняемые республиканскому или союзному Минводхозу.

В тех случаях, когда в комплекс гидротехнических сооружений входят гидроузел, водохранилище, магистральный канал, часть реки, охваченная системой защитных дамб и сооружений, при необходимости в составе этого комплекса организовывают несколько управлений эксплуатации гидротехнических сооружений в зависимости от их назначений.