На стадии строительства и приемки сооружений эксплуатационная служба (дирекция, управление строящегося гидроузла или сооружения) осуществляет контроль за качеством устанавливаемого оборудования, соответствием выполнения строительно-монтажных работ, приемку сооружений, оборудования и КИА, а также может проводить совместно со специальной группой строителей наблюдения за состоянием сооружений.

Структура службы эксплуатации водохозяйственных объектов может быть различной в связи со спецификой задач, решаемых в каждом конкретном случае. Несмотря на их разнообразие, можно выделить следующие структурные группы служб эксплуатации, функционирующие: в составе управлений гидромелиоративных систем; на крупных магистральных каналах; на отдельных гидроузлах как целевого, так и комплексного назначения, находящихся на балансе минводхоза союзного или республиканского значения; на крупных энергетических гидроузлах комплексного назначения.

Ниже рассматривается структура службы эксплуатации каждой группы в отдельности.