Как известно, при покупке усадьбы во фруктовом саду было «яблонь дерев с 10, вишен штук 30, 2-3 сливы, много кустов малины и даже несколько барбариса». В 1928 г. Булгаков отмечал, что в саду растет «18 яблонь и 2 груши, но плодоношение их падает из-за разрастающихся слева (с юга) и загораживающих солнце вязов, кленов и берез». «18 яблонь и 2 груши» сохранились со времен Толстого, а прибавив к ним «30 вишен и 2-3 сливы», можно считать это число фруктовых деревьев «контрольным» для восстановления сада. В настоящее время на той же площади, что и в 90-е годы, произрастает 46 яблонь, 4 груши, 3 сливы и 8 вишен. Уже одно то, что число яблонь почти в 3 раза больше, чем это было при Толстом, свидетельствует о несоответствии его прежнему виду. В удовлетворительном состоянии находятся только 16 деревьев, имеющих возраст 25-35 лет, из них 12 яблонь и 4 груши, все остальные или отстали в развитии, или имеют недекоративные, плохо сформированные кроны. Плохо сохранились и вишни.

Как известно, в художественном оформлении сада Толстых огромную роль играли декоративные кустарники, число которых учесть было невозможно. К настоящему времени пропали многие кусты акации из живой изгороди вдоль забора в липовой аллее, все кусты бузины в районе кургана «улитки». Спирея Бумольда заменена частично спиреей дубравколистной и спиреей японской, имеющей иной колер при цветении. Такие виды, как чубушник, жимолость и сирень, находятся в очень плохом состоянии, они потеряли свои декоративные качества и жизнеспособность. Интерес представляет экземпляр акации желтой, сохранившийся с периода мемориализации. Возраст куста 100 лет, растет он у стены забора напротив восточного фасада главного дома. Акация очень ослаблена, имеет сильно искривленный ствол диаметром 16-18 см и высоту 7 м. Не только как мемориальный объект этот кустарник ценен на усадьбе. Это своего рода уникальный природный феномен, так как в условиях Москвы такие виды кустарниковой растительности в возрасте 100 лет встречаются очень редко. Поэтому за ним необходим особый контроль и уход.