При обследовании искусственных насаждений, представленных двумя аллеями времен А. С. Пушкина - еловой и липовой, указывалось, что «состояние этих старых посадок, имеющих огромную историческую ценность, вызывает серьезнейшее опасение и требует крупных денежных средств на их хотя бы частичное сохранение, а в случае невозможности - на их восстановление».

Таким образом, уже в первый период возрождения Пушкинского заповедника определилось основное направление в его хозяйственной деятельности - сохранение насаждений, а в случае их гибели или распада - восстановление. Однако в то время реставрационные работы представляли большую сложность, ведь сведения о парке были очень скудными, документов практически не было никаких. Правда, в парке оставались еще от старины холмы, старые деревья, запущенные аллеи, пни, дороги и клумбы. Их анализ позволил установить, что во времена А. С. Пушкина на территории усадьбы существовала трехлучевая система аллей: центральная - еловая, правая, к Черному пруду, березовая и левая - липовая, известная под названием «аллея Керн». Собранные по частицам данные стали основой развернувшихся работ по восстановлению пушкинской усадьбы.

Постепенно усадьба приобретала первоначальный вид; посадки, как правило, носили восстановительный характер. Правда, были и отступления: появились четкие ряды ивы белой по берегам Ганнибаловского пруда. Но недолго просуществовал в мире и спокойствии пушкинский уголок. Не пощадил фашизм пушкинских мест, как не пощадил он и многих дорогих памятников земли русской. Во время войны был сожжен дом Пушкина и единственная постройка, сохранившаяся с его времени, «домик няни». Вокруг сгоревшего дома был почти полностью вырублен старинный парк, в заповедной роще проводились лесозаготовки; вся территория была изрыта траншеями и рвами, в аллеях устроены дзоты, блиндажи, вековые деревья подрывались толовыми шашками, могила Пушкина была заминирована, Святогорский монастырь разрушен, сожжено старинное село Петровское.